Cộng hòa Karakalpakstan chính thức có chủ quyền và chia sẻ quyền phủ quyết đối với các quyết định liên quan đến nó với Uzbekistan. Theo hiến pháp, quan hệ giữa Karakalpakstan và Uzbekistan được "điều chỉnh bởi các hiệp ước và thỏa thuận" và mọi tranh chấp đều được "giải quyết bằng cách hòa giải". Quyền ly khai của nó bị giới hạn bởi quyền phủ quyết của cơ quan lập pháp của Uzbekistan đối với bất kỳ quyết định ly khai nào.[8] Điều 74, chương XVII, Hiến pháp Uzbekistan, quy định rằng: "Cộng hòa Karakalpakstan sẽ có quyền ly khai khỏi Cộng hòa Uzbekistan trên cơ sở một cuộc trưng cầu dân ý toàn quốc do người dân Karakalpakstan tổ chức."